電子カルテのおすすめメーカー12社比較｜クラウド型の選び方と費用

１. 電子カルテ選びで押さえたい国の動き（2026年度時点）

電子カルテを選ぶ際、重視したい観点は何か。答えは「標準化への対応力」と「クラウド型であること」の2点です。

2030年の普及率約100%という目標に向け、国は電子カルテの「標準化」を本格的に推進しています。この流れを理解しておくと、なぜ今クラウド型が推奨されるのかが自然と見えてきます。

医療情報の「分断」を解消する、標準化の動き

標準化のゴールは、医療機関をまたいだ情報共有をスムーズにすることです。現在はメーカーごとに独自の形式でデータが保存されているため、他院との情報連携が難しい状況が続いています。これを国が主導して「共通言語」に統一することで、医療機関同士が情報をやり取りしやすい環境を整えようとしているのです。この「標準化」に向けて、現在は以下の２つのシステムが軸となって動いています。

標準型電子カルテ：国の医療DXに必要な機能に絞った電子カルテ。医科無床診療所向けの「導入版」として2026年度中の完成を目指して開発が進められています。2027年度以降、医科診療所への普及支援が予定されています。

標準型準拠カルテ：国の標準仕様に準拠し、使い勝手を追求した「民間の電子カルテ」。厚生労働省は、標準仕様に卸した「クラウドネイティブ型」電子カルテを国が認証する制度を準備しており、2027年度の早い時期に認証を始める予定です。

出典：厚生労働省「電子カルテ普及計画（案）」（令和８年９月）

たえまないルール変更に「クラウド」で備える

2030年の普及率約100%に向け、標準化の要件は今後もアップデートされ続けます。オンプレミス型ではその都度、改修費用と手間がかかりますが、クラウド型はメーカー側のアップデートで制度改定に対応するため、改修の手間やコストを抑えやすくなります。

今クラウドを選ぶのは単なるトレンドではなく、将来にわたって改修コストや手間に振り回されないための、経営的な観点からの判断といえるでしょう。

２. 選定の要、レセコンの２大形態とは？

電子カルテ選びの最初の分岐点は、レセコン（医事会計システム）との組み合わせ方にあります。おすすめの12選を紹介する前に、レセコンとの関係を整理します。保険診療を行うクリニックには２つのスタイルがあり、どちらを選ぶかでスタッフの負担や窓口の待ち時間が大きく変わります。

どのスタイルを選ぶ場合も、「クラウド型」を軸に検討するのがおすすめです。この前提を踏まえ、まずは自院の基盤となる２つのスタイルの特徴を見ていきましょう。

※自費診療メインの場合は、会計まで一括管理できる「自費特化型」が主流となります。後述する美容・自由診療向けのシステムも同様に、すべてクラウド型を前提に選定しています。

【レセコン一体型】業務をシンプルにし、スムーズな連携を可能にする形態

カルテと会計が統合されたシステムです。同一の操作感で入力でき、データの即時連携が最大のメリット。カルテ確定と同時に会計へ反映されるため、入力ミスを防ぎ、窓口の待ち時間を短くしやすくなります。窓口が一本化されるため、トラブル時の連絡先が明確な点も現場には心強いポイントです。

【ORCA連動型】高い信頼性と、将来への柔軟性を保つ形態

日本医師会が提供する「ORCA（オルカ）」と好みの電子カルテを組み合わせるスタイルです。ORCAは日本医師会が開発したレセコンで、診療報酬改定にあわせて更新されます。

将来的にカルテ画面だけを変更しても会計データは継続利用できるため、特定メーカーに縛られない柔軟な運用が可能です。

３. 電子カルテおすすめメーカー12選

自院の「診療スタイル」と「レセコン形態」の掛け合わせで、最適なシステムが絞り込めます。ここからは、クラウド型のクリニック向け電子カルテをカテゴリー別に紹介します。

▼12製品比較表

※2026年10月時点、各社公式サイトより。

特に汎用型ともいえる主要７メーカーに関しては、基本スペックはもちろん、どんなクリニックにおすすめかなど、比較しやすいポイントをわかりやすくまとめました。

CLINICS（株式会社メドレー）
【レセコン一体型】
企業形態：東証プライム上場
設立：2009年
サポート：オンライン・電話・導入時インストラクター
セキュリティ：ISMS認証・ISMSクラウドセキュリティ認証取得
予約から会計、経営分析までひとつの画面で完結するオールインワンシステムです。
AIアシストによりカルテ入力の手間を省けるほか、患者さん向けアプリを通じた快適な通院体験の提供で、かかりつけ患者さんの定着にもつながります。
料金は端末数・アカウント数にかかわらず一律です。専任スタッフによる手厚いサポートがあるため、初めての導入でも安心して進められます。「システムが多すぎて管理しきれない」「患者さんにもっとスムーズに通院してもらいたい」といった悩みを抱えるクリニックにおすすめです。
引用：CLINICS

MAPs for CLINIC（株式会社EMシステムズ）
【レセコン一体型】
企業形態：東証プライム上場
設立：1980年
サポート：全国拠点による対面・リモート
セキュリティ：安全管理ガイドライン準拠・障害時の予備回線への自動切替
レセコンを長く手がけてきたEMシステムズが、その知見をクラウドに凝縮したシステムです。
各診療科に特化した入力テンプレートを豊富に備え、他社システムとの接続実績も豊富なため、すでに導入している検査機器や周辺ソフトをそのまま活かせます。
「今の機器はそのままにしたい」「レセコンの安定性を重視したい」という方に適しています。
引用：MAPs for CLINIC

CLIUS（株式会社DONUTS）
【ORCA連動型】
企業形態：非上場
設立：2007年
サポート：オンライン・電話
セキュリティ：厚生労働省ガイドライン準拠（同社公式サイトより）
直感的に操作できる設計で、PCに不慣れなスタッフでも短期間で使いこなせます。AIによる入力補助やセット登録も充実しており、端末を選ばず動作も軽快です。
「スタッフの入れ替わりが多く、そのたびに操作を覚えさせるのが大変」「受付と診察室で同時に使いたい」というクリニックにおすすめします。
引用：CLIUS

エムスリーデジカル（エムスリーデジカル株式会社）
【レセコン一体型／ORCA連動型】
企業形態：非上場（東証プライム上場・エムスリーグループ）
設立：2015年
サポート：オンライン・電話
セキュリティ：ISMS認証取得・電子証明書による端末認証
AI自動学習機能が医師ごとの入力パターンを覚え、処置や処方を予測して提案してくれます。使えば使うほど入力の手間が減っていく点が大きな特徴です。
iPadやスマートフォンにも対応しており、診察室の外でもカルテの閲覧・入力が可能。「カルテ入力に時間を取られすぎている」「往診先でもカルテを確認したい」という方に向いています。
引用：エムスリーデジカル

Qualis Cloud（株式会社ビー・エム・エル）
【レセプトチェック標準搭載・オンライン請求対応】
企業形態：東証プライム上場
設立：1955年
サポート：全国拠点による対面・リモート
セキュリティ：３省２ガイドライン準拠・二要素認証
臨床検査を受託するBMLが提供するシステムで、外注検査の依頼から結果の取り込みまでの流れがスムーズです。
画面レイアウトを自院の使い方に合わせて自在に変えられるほか、診療アラーム機能で患者さんごとの予定を一目で把握できます。「検査結果の取り込みに手間がかかっている」「画面を自分の使いやすいように整えたい」という方におすすめです。
引用：Qualis

Medicom クラウドカルテ（ウィーメックス株式会社）
【レセコン一体型】
企業形態：非上場（PHCグループ）
設立：2023年（ウィーメックスとして事業開始。Medicomブランドは50年以上の歴史）
サポート：全国174のサポート拠点（2025年12月時点）による対面・リモート
セキュリティ：専用VPN接続・ISMS認証取得
日本初の医事コンピュータを発売したMedicomブランド（同社公式サイトより）のクラウドモデルです。長年にわたって積み重ねてきた医事会計のノウハウはそのままに、クラウドならではの使い勝手を加えた仕上がりになっています。
「実績のあるメーカーを選びたい」「困ったときにすぐ来てもらえる体制がほしい」という方に心強いシステムです。
引用：Medicom

BrainBox CloudⅡ（株式会社ユヤマ）
企業形態：非上場
設立：1964年
調剤機器メーカーとして知られるユヤマが提供するクラウド型の電子カルテです。AIを使ったWeb問診（オプション）や経営分析の機能、インストール不要で使えるWebカルテに対応しています。「問診から経営分析までまとめて使いたい」という方に適しています。
引用：BrainBox CloudⅡ

モバカルネット（NTTプレシジョンメディシン株式会社）
【ORCA連動型】
在宅医療の現場に特化して開発されたシステムです。タブレット１台で訪問先から情報の参照・入力ができ、医師・看護師・ケアマネジャーなど多職種間での情報共有もスムーズに行えます。訪問時に必要な各種文書をまとめて作成できるため、移動の多い在宅診療の事務負担を軽減できます。NTTグループの堅牢なセキュリティ体制と災害対策を備え、安定した訪問診療を後押しします。
引用：モバカルネット

セコムOWEL（セコム医療システム株式会社）
【ORCA等と接続】
外来診療と在宅医療の両方をカバーできる設計のシステムです。セコムグループのセキュリティ基盤を土台にしているため、院外でのカルテ操作も安心して行えます。画面がシンプルで操作しやすく、訪問先でもスタッフ間のリアルタイムな情報共有が可能です。
訪問スケジュールの管理や複雑な公費の計算にも対応しており、外来と訪問を一つのシステムでまとめて管理したいクリニックに向いています。
引用：セコムOWEL

medicalforce（アトミックソフトウェア株式会社 ※旧：株式会社メディカルフォース）
【自費特化型・ORCA連動型】
美容クリニックに特化したクラウド型のオールインワンシステムです。電子カルテに加え、予約・在庫・患者さんの来院履歴や分析データの管理までを一括して行えます。経営状況をダッシュボードで可視化できるため、現場の数字をそのまま経営判断に活かしやすい点が強みです。スタッフの入力負担を抑えながら、売上の改善にも目を向けたいクリニックにおすすめです。
引用：medicalforce

キレイパスコネクト（GMOビューティー株式会社）
【自費特化型】
集客プラットフォーム「キレイパス」と連携できる点が最大の特徴です。予約・事前問診・決済・再来院の促進まで、患者さんとのやり取りを一連の流れで自動化できます。受付まわりの事務作業をシステムに任せることでスタッフが接遇に集中できる環境をつくりやすく、SNS経由の集客から院内の受付対応までをつなげたいクリニックに適しています。
引用：キレイパスコネクト

B4A（株式会社B4A）
【自費特化型】
自由診療の予約・決済体験の改善に強みを持つシステムです。リアルタイムでの予約精度が高く、患者さんがオンラインで完結できる場面を増やすことで電話対応の負担を減らせます。オンライン決済やデジタルギフトなど、新患の獲得や再来院を後押しする機能も充実しており、クリニックの雰囲気に合った洗練されたUIで患者さんへの印象づくりにも貢献します。
引用：B4A

４. スムーズな導入と運用への４ステップ

自院に最適なシステムが決まったら、次は「いかに現場へ定着させるか」が重要になります。電子カルテの入れ替えは、スタッフの業務フローを大きく変えるプロジェクトです。

混乱を最小限に抑え、スムーズに運用を開始するための実務的な４ステップを整理しました。

STEP１：デモ体験とスタッフの意見集約
実際の操作感は、スペック表だけでは判断できません。複数の製品をデモで比較し、毎日カルテに触れる看護師や事務スタッフの意見を集約しましょう。現場の合意形成が、導入後の「使いにくい」という不満を防ぐ鍵となります。

STEP２：ネットワーク環境の再構築
クラウド型を快適に活用するには、安定したネット回線が不可欠です。今後の医療DX対応を見据え、高セキュリティなルーターの導入や、院内のWi-Fi環境が診察室や処置室まで安定して届くかを事前確認しておくことを推奨します。

STEP３：既存データの移行範囲を決定
旧システムから全てのデータを移行しようとすると、多額の費用と時間がかかる場合があります。実務上「過去３年分」などの必要な範囲に絞ることで、移行コストを抑えつつ、新システムへの切り替えを迅速に行うことが可能です。

STEP４：院内研修と運用ルールの策定
本格稼働の１か月前から、スタッフ全員で操作研修を行いましょう。単なる操作方法だけでなく、記事内で解説した「レセコン連携」を意識した入力ルールの統一を行うことで、稼働後の診療効率を改善しやすくなります。

５. 導入や乗り換えの疑問、お答えします

電子カルテの導入・乗り換えを検討するなかで、多くのクリニックから寄せられる疑問をまとめました。

Q１. 導入・乗り換えにかかる費用の目安は？

料金を公開しているメーカーでは、クラウド型で初期費用0円、月額1万円台〜2万円台からのプランがあります（2026年10月時点、各社公式サイトより。３章の比較表参照）。

一方、オンプレミス型は院内サーバーの購入費がかかり、数年に一度の更新費用も別途かかります。費用はシステムや端末数によって大きく変わるため、複数のメーカーに見積もりを依頼したうえで比較することをおすすめします。

Q２. 契約から稼働まで、どれくらいの期間がかかりますか？

一般的なクリニックの場合、契約から本格稼働まで1〜3か月程度が目安です。

初期設定やスタッフ研修、データ移行の有無によって前後するため、開業時であれば物件確定と同時に動き始めるくらいのタイミングが理想です。既存システムからの乗り換えの場合は、旧システムの契約終了時期に合わせた計画を立てると移行コストを抑えやすくなります。

Q３. 通信障害が起きたとき、クラウド型でも診察を続けられますか？

メーカーによって対応が異なります。クラウド専用型の場合、回線が途絶えると操作が制限されるケースがあるため、バックアップ回線（モバイルルーターなど）の準備が推奨されます。

一方、院内にサブサーバを置くハイブリッド構成のシステムは、通信が落ちても診察を継続できる設計になっています。BCP対策を重視するクリニックは、導入前にオフライン時の挙動をメーカーに確認しておくと安心です。

Q４. 今のシステムから乗り換える場合、過去のデータはどうなりますか？

多くのシステムで過去データの移行に対応していますが、旧システムのデータ形式や保存量によって難易度とコストが変わります。

全履歴をまとめて移行しようとすると多額の費用がかかるため、「直近３年分のみ移行し、それ以前は参照用に保管する」という方法もあります。移行の範囲と費用は、導入前にメーカーと詳細を詰め、見積書に明記してもらうことをおすすめします。

Q５. 電子カルテの大手メーカーはどこですか？

病院向けでは、富士通Japan（HOPE LifeMark-HX）、NEC（MegaOak/iS）、ソフトウェア・サービス（NEWTONS2/e-カルテ）、シーエスアイ（MI・RA・Is/V）などが主なメーカーです。クリニック向けのクラウド型では、本記事で紹介した製品のように、上場企業やそのグループ会社が提供する製品が多くあります。

Q６. 厚生労働省が認証している電子カルテはありますか？

2026年10月時点では、国の認証を受けた電子カルテはまだありません。厚生労働省は、標準仕様に準拠したクラウドネイティブ型電子カルテを認証する制度を準備しており、2027年度の早い時期から認証を始める予定です。

出典：厚生労働省「電子カルテ普及計画（案）」（令和８年９月）

６. まとめ

国は2030年末までに電子カルテの普及率を約100%にする目標を掲げ、クラウド型電子カルテの普及を進めています。この大きな転換期を「クリニックの可能性を広げる好機」にできるかは、システム選びの視点にかかっています。医療DXの波に、より主体的に備えるために、以下の3点を振り返りましょう。

１. クラウド型であることを大前提にする
２. 自院のスタイルに合うレセコン形態（一体型・連動型）を見極める
３. 周辺システム（予約・問診等）との親和性を重視する

これらの条件にあてはまるのが、クラウド型・レセコン一体型のCLINICSです。予約やオンライン診療などの機能とあわせて使え、料金は端末数・アカウント数にかかわらず一律です。「今の診療フローをどうデジタル化すべきか」など、迷われることがあれば、どうぞお気軽にご相談ください。自院にとっての最善策をご提案いたします。

※本記事の内容は2026年10月時点の情報に基づいています。制度・開発スケジュール・各システムの仕様は変更となる場合があります。最新情報は必ず公的機関および各メーカーにご確認ください。

【参考資料】
厚生労働省「電子カルテの普及について」（令和８年３月12日）／厚生労働省
電子カルテの普及について（第26回医療等情報利活用ワーキンググループ　2025年12月10日）／厚生労働省
電子処方箋・電子カルテの目標設定等について（令和７年７月１日）／厚生労働省
医療DXについて／厚生労働省
※本記事の内容は2026年５月時点の情報に基づいています。制度・開発スケジュール・各システムの仕様は変更となる場合があります。最新情報は必ず公的機関および各メーカーにご確認ください。

監修・執筆者

監修

勝屋 孝昭

株式会社メドレー 医科診療所事業部 事業戦略室

医療予約システム事業に従事し、これまで150院以上の医療機関で予約システムの導入に携わり、業務効率化と経営改善に貢献してきた。さらに医療法人の経営に参画し、KPIマネジメント・分院開発・医療DX推進など経営の中核実務を担当。電子カルテ・オンライン診療をはじめとする医療DXに精通し、ベンダーと医療機関経営者の双方の視点から医療業界の課題構造を理解している。2026年、株式会社メドレー入社。現在は医療機関のDX推進に関する戦略立案と情報発信を担う。

執筆

CLINICS事務局

株式会社メドレー

医療現場のDXパートナーとして「医療ヘルスケアの未来をつくる」を理念に、開業を目指す先生や開業医の方々に寄り添う情報を発信しています。お届けするのは、オンライン診療や電子カルテ関連、開業準備を成功へ導くノウハウ、最新の医療制度・法令などさまざま。ITの力で人と医療の現場をつなぎながら、日々の診療やクリニック経営に役立つ知見を丁寧かつ分かりやすくまとめています。ぜひ、理想とするクリニックづくりのヒントとしてご活用ください。