【2026年最新版】クリニック開業や経営に活用できる！補助金・助成金制度を徹底解説します

補助金と助成金の違い

補助金と助成金は、いずれも公的機関による資金援助の仕組みである一方、目的や仕組みには違いがあります。それぞれの基本的な特徴について、以下の表にまとめました。

ただし、これらは一般的な傾向であり、全ての制度に当てはまるわけではありません。申請を検討する際は、必ず個別の制度の詳細を確認するようにしてください。また、クリニックの場合、事業に関する投資（新しい設備導入やIT化など）は補助金、雇用に関すること（スタッフの雇用や働きやすい環境づくりなど）であれば助成金というように、大まかなイメージで考えると分かりやすいでしょう。

医院開業時に利用できる補助金・助成金制度

医院開業時に利用できる補助金・助成金制度は、以下の通りです。
それぞれ詳しく紹介します。

1.起業支援金

起業支援金（地方創生起業支援事業）は、地域が抱える課題を解決するための事業を起業（または事業承継）する際に、事業経費の一部（最大200万円、補助率1/2）を補助する制度です。
主な窓口は都道府県で、事業の立ち上げや申請のための支援が受けられます。ただし、この支援金は「地方創生」が目的のため、対象地域が限定されている点には注意が必要です。原則として首都圏（東京都・埼玉県・千葉県・神奈川県）は対象外となることを知っておきましょう。詳しくは以下の内閣府のサイトにてご確認ください。
参考：起業支援金

2.事業承継・M&A補助金

地域の経済を発展、活性化させるための事業を継承し、新規事業やM＆Aを開始する際に受給できるのが事業承継・M＆A補助金です。事業承継・M＆A補助金の種類は、以下の4つに分けられます。
①事業承継促進枠
②専門家活用枠
③PMI推進枠
④廃業・再チャレンジ枠

最新の公募要領は、公式サイトで申請前に確認するようにしてください。
参考：事業承継・M＆A補助金

開業医が経営に利用できる補助金・助成金制度

開業医が経営に利用できる補助金・助成金制度は、以下の通りです。
それぞれ詳しく紹介していきましょう。

1.小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金（持続化補助金）とは、経営の安定化を目的に、小規模事業者の新たな取り組みに対し補助を行うものです。
①一般型（通常枠）
②一般型（災害支援枠）
③後継者支援枠
④創業型
⑤共同・協働型
⑥ビジネスコミュニティ型
※2025年度は上記６つの申請枠が用意される見込みです。
※詳細は中小企業庁や全国商工会連合会のサイトにてご確認ください。

2.IT導入補助金

企業がITツールを導入する際に、一部の経費を補助するのがIT導入補助金です。経済産業省が実施している補助金で、IT導入補助金事務局に登録されているソフトウェアや役務が対象になります。補助の目安は以下の通りです。

• 通常枠：5〜450万円
• インボイス枠（インボイス対応類型）：最大350万円
• インボイス枠（電子取引類型）：最大350万円以下
• セキュリティ対策推進枠：5〜150万円
• 複数社連携IT導入枠：最大350万円程度

上記は補助の上限額です。実際の金額はそれぞれの枠や事業所規模によって異なる補助率を乗じて算出されます
参考：IT導入補助金制度

3.医療施設等経営強化緊急支援事業

医療施設等経営強化緊急支援事業は、医療機関の経営強化を目的とした厚生労働省の支援事業です。管轄は厚生労働省で、具体的な手続き方法や運用は都道府県で異なり、病院や診療所（医科・歯科）、訪問看護ステーションなどの医療機関が対象です。
具体的な支援施策は、以下をご覧ください。

• 生産性向上・職場環境整備等支援事業
• 病床数適正化支援事業
• 施設整備促進支援事業
• 分娩取扱施設支援事業・小児医療施設支援事業
• 地域連携周産期支援事業（分娩取扱施設）
• 地域連携周産期支援事業（産科施設）

参考：医療施設等経営強化緊急支援事業について

4.医療施設等施設設備費補助金

へき地診療所の環境充実などを目的に受給できるのが、医療施設等施設設備費補助金です。具体的な補助率と下限額は、以下をご覧ください。

• へき地診療所：1/2、1か所につき1,000千円
• 過疎地域等特定診療所：1/2、1か所につき2,500千円（ただし改修の場合は1,000千円）
• へき地保険指導所：1/3（ただし沖縄県は1/2）、
  1か所につき1,666千円（ただし沖縄県は2,500千円）
• 研修医のための研修施設：1/2、1か所につき1,000千円
• 臨床研修病院：1/2、1か所につき1,000千円
• へき地医療拠点病院：1/2、1か所につき2,500千円
• 医師臨床研修病院研修医環境整備：1/3
• 離島等患者宿泊施設施設整備事業：1/3
• 産科医療機関施設整備事業：1/3、1か所につき666千円
• 死亡時画像診断システム施設整備：1/2

参照：医療施設等施設整備費補助金交付要綱

5.ものづくり補助金

ものづくり補助金は、対人接触を避けるための装置の導入などを目的に受給できる補助金です。ものづくり補助金は医療関係に特化した補助金ではありませんが、医療機器の導入などに利用できます。補助額は従業員の人数で異なりますが、最大で1,250万円まで受給可能です。ただし、医療法人は制度利用の対象外となる点に注意が必要です。
参考：ものづくり補助金のご案内

6.中小企業新事業進出補助金

中小企業新事業進出補助金は、2025年に新設された補助金です。中小企業が既存事業と異なる市場への進出や新サービスの提供に挑戦する際に、設備投資費や広告宣伝費などを補助するものです。具体的な金額は750～9,000万円で、従業員の数によって変動します。詳しくは経済産業省や中小企業庁のホームページを確認してみてください。
参考：中小企業新事業進出補助金ホームページ

7.キャリアアップ助成金

非正規雇用者の待遇改善に取り組んでいる事業主が受給できるのが、キャリアアップ助成金です。キャリアップの助成金のコースと支給額は、以下をご覧ください。

• 正社員化コース：１人当たり15〜80万円
• 障害者正社員化コース：１人当たり33～120万円
• 賃金規定等改定コース：１人当たり2.6〜7万円
• 賃金規定等共通化コース：１事業所当たり45～60万円
• 賞与・退職金制度導入コース：１事業所当たり30～56.8万円
• 社会保険適用時処遇改善コース：１人当たり7.5～70万円

また、支給対象になる事業主の条件は以下の通りです。

• 雇用保険適用事業所の事業主
• 雇用保険適用事業所ごとに、キャリアアップ管理者を置いている
• キャリアアップ計画期間内にキャリアアップに取り組んだ事業主であること

具体的な支給金額は、企業の規模や対象となる労働者の雇用形態などにより異なります。
※詳しくは最寄りの都道府県労働局またはハローワークへお問い合わせください。
参考：キャリアアップ助成金

8.両立支援等助成金

両立支援等助成金は、仕事と家庭の両立を支援するための助成金です。
育児や介護をしながら働く労働者のために、労働環境を整える事業主に対して支給されます。管轄は厚生労働省で、主な対象は中小企業の事業主です。
両立支援等助成金には主に以下のコースがあり、それぞれ支給額と要件が異なります。

• 出生時両立支援コース
• 育児休業等支援コース
• 育休中等業務代替支援コース
• 柔軟な働き方選択制度支援コース
• 介護離職防止支援コース

参考：両立支援等助成金

9.人材開発支援助成金

人材開発支援助成金は、OJTやOFF-JTを行う企業に支給される助成金です。
管轄は厚生労働省で、正社員が対象になります。人材開発支援助成金は、7つのコースによって支給額と要件が異なるのが特徴です。コースは以下をご覧ください。

• 人材育成支援コース
• 教育訓練休暇等付与コース
• 人への投資促進コース
• 事業展開等リスキリング支援コース
• 建設労働者認定訓練コース 
• 建設労働者技能実習コース
• 障害者職業能力開発コース

参考：人材開発支援助成金

10.特定求職者雇用開発助成金（特定就職困難者コース）

高齢者や障害者を雇用している企業が受給できるのが、特定求職者雇用開発助成金（特定就職困難者雇用開発助成金）です。支給要件は以下をご覧ください。

• ハローワークまたは民間の職業紹介事業者等の紹介により雇い入れること
• 雇用保険一般被保険者として雇い入れ、継続雇用が確実であると認められること

詳しくは厚生労働省のホームページをご確認ください。

参考：特定求職者雇用開発助成金（特定就職困難者コース）

11.トライアル雇用助成金

トライアル雇用助成金とは、求職者の救済として支給される助成金です。厚生労働省が行っている助成金で、ハローワークを利用して規定の期間働いた方などが受給できます。支給要件と対象は以下の通りです。

• 月額：４万円
• 受給期間：最長３ヵ月
• １週間当たりの所定労働時間：30時間以上
• 一定期間解雇したことのない事業者

参考：トライアル雇用助成金（一般トライアルコース）

12.人材確保等支援助成金（職場定着支援助成金）

職場定着支援助成金は、職場の環境改善や職員の定着率改善などを目的にした助成金です。2018年に人材確保等支援助成金に統合され、2025年時点、以下４つのコースがあります。ここでは、建設分野以外のコースを紹介します。

• 雇用管理制度・雇用環境整備助成コース：最大187.5万円
• 中小企業団体助成コース：最大1,000万円
• 外国人労働者就労環境整備助成コース：１制度導入につき20万円
• テレワークコース：１企業あたり20万円（制度導入助成）・10万円（目標達成助成）

参考：人材確保等支援助成金のご案内

13.地域雇用開発助成金

地域雇用開発助成金は、地方など雇用機会が少ない地域を対象にした助成金です。
管轄は厚生労働省で、求職者を雇った場合に助成されます。

参考：地域雇用開発助成金（地域雇用開発コース）

クリニック開業の補助金・助成金制度に関するよくある質問

クリニック開業の補助金・助成金制度に関するよくある質問は、以下の通りです。
疑問を解消できるように、それぞれ詳しく回答します。

Q1.申請にかかる期間はどのくらいですか？

補助金・助成金の申請には、制度によって異なります。利用したい補助金・助成金のホームページにアクセスして、期間を確認しましょう。

Q2.申請書類などは無料でダウンロードできますか？

申請書類などは、無料でダウンロード可能です。

Q3.美容クリニックで利用できるものもありますか？

主に自由診療を行う美容クリニックでも、IT導入や雇用、販路開拓などの取り組みに対する補助金・助成金の申請が可能です。ただし、保険診療機関を対象とする制度や、医療法人を対象外とする制度もあるため、必ず制度ごとの詳しい条件をご確認ください。

まとめ

ここまで、補助金と助成金の違いや開業医が経営に利用できる制度などを紹介しました。補助金や助成金を受給すると、クリニック開業にかかる費用の支えになります。受給したい方は、当記事を参考に要件に該当するものを利用しましょう。

執筆監修者

CLINICS事務局

株式会社メドレー

医療現場のDXパートナーとして「医療ヘルスケアの未来をつくる」を理念に、開業を目指す先生や開業医の方々に寄り添う情報を発信しています。お届けするのは、オンライン診療や電子カルテ関連、開業準備を成功へ導くノウハウ、最新の医療制度・法令などさまざま。ITの力で人と医療の現場をつなぎながら、日々の診療やクリニック経営に役立つ知見を丁寧かつ分かりやすくまとめています。ぜひ、理想とするクリニックづくりのヒントとしてご活用ください。